Stroški gradnje in-dolgoročni obratovalni stroški kontejnerskih hiš so bili vedno velika skrb. Raziskovalci so z izčrpnimi izračuni skupnih stroškov različnih izolacijskih materialov v njihovi celotni življenjski dobi odkrili nekaj zanimivih pojavov: čeprav so na območjih z visoko-nadmorska višina potrebne debelejše plasti izolacije, to ne pomeni nujno večje stroškovne-učinkovitosti. Nekatere visoko-tehnološke izolacijske materiale (kot so vakuumske plošče z aerogelom) je kljub odlični izolacijski učinkovitosti zaradi visoke cene težko uporabiti.
Omeniti velja, da lahko optimizacija zasnove z znanstvenimi metodami izračuna ne samo zmanjša začetne stroške gradnje, ampak tudi znatno zmanjša kasnejše izdatke za porabo energije. Ta celostni optimizacijski pristop naredi kontejnerske hiše bolj konkurenčne v smislu stroškovne-učinkovitosti, kar zagotavlja močno podporo njihovi široki uporabi. Te ugotovitve zagotavljajo praktične reference za ekonomično načrtovanje kontejnerskih hiš-ob upoštevanju začetne naložbe in skrbnega izračuna dolgoročnih-stroškov delovanja.
